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# RevBayes: Discrete morphology tutorials
# the plain Mk model
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# Create the Q matrix. These data are binary, so we initialize the Jukes-Cantor
# matrix with two states.
Q_morpho <- fnJC(2)

# Combine the tree and the Q matrix into the phylogenetic CTMC.
phyMorpho ~ dnPhyloCTMC(tree=phylogeny, Q=Q_morpho, type="Standard")
phyMorpho.clamp(morpho)